Cécima fu donato dai re Ugo e Lotario al vescovo di Pavia nel 943. Nel 1164 l'imperatore Federico I inserì Cecima tra le località poste sotto la dominazione di Pavia (risultando isolata tra le terre dei marchesi Malaspina), ma non cessò la signoria feudale del vescovo, che anzi continuò ininterrotta fino all'abolizione del feudalesimo nel 1797. Nel 1419 il vescovo Pietro Grassi emanò gli Statuti del comune di Cecima, che furono il modello cui si ispirarono per i loro statuti molti comuni circostanti. Nel 1544 il feudo di Cecima, che comprendeva anche il comune di San Ponzo (Ponte Nizza), fu subinfeudato agli Sforza di Santa Fiora, feudatari di Varzi. Questo feudo costituiva una delle giurisdizioni separate, cioè dei grandi feudi della collina e montagna dell'Oltrepò dotati di ampia autonomia giuridica e fiscale. Unito con il Bobbiese al Regno di Sardegna nel 1743, in base al Trattato di Worms, entrò a far parte poi della Provincia di Bobbio. Nel 1801 il territorio è annesso alla Francia napoleonica fino al 1814. Nel 1818 passa alla provincia di Voghera e nel 1859 alla provincia di Pavia. Nel 1928 costituisce con Pizzocorno, Trebbiano Nizza e San Ponzo Semola il nuovo comune di Ponte Nizza, ma nel 1956 ottenne nuovamente l'autonomia.

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