Mortara inizialmente appartenne alla contea di Lomello, poi nel 1164 Federico I la sottopose al dominio di Pavia, e divenne sede di podesteria. Passò in seguito sotto il dominio milanese, prima dei Visconti e poi degli Sforza. Con Gian Galeazzo Visconti il borgo ottenne l'autorizzazione a cambiare il nome in Beldiporto, e che mantenne fino al 1402. Nei secoli successivi passò sotto il dominio di Gian Giacomo Trivulzio di Obicino Caccia; al ritorno degli Sforza, venne infeudata a Matteo Beccaria di San Gaudenzio. Dopo essere ritornata libera tra il 1580 e il 1613, sotto il governo spagnolo (1535-1706) Mortara divenne marchesato Nel 1707 Vittorio Amedeo II di Savoia conquistò Mortara, elevandola al rango di città regia e di capoluogo della provincia di Lomellina.