Era sede di un'antica pieve della diocesi di Pavia. Con l’avvento di Gian Galeazzo Visconti San Genesio fu incluso nel grande Parco visconteo, che partiva dal Castello di Pavia per arrivare fino alla Certosa Il nome attuale, San Genesio ed Uniti compare nel 1871 quando a San Genesio furono aggregati i comuni di Comairano e Ponte Carate